Endonukleazy to enzymy, które pękają DNA na mniejsze fragmenty poprzez rozszczepienie wiązania fosfodiestrowego wewnątrz łańcucha polinukleotydowego. Zobaczmy kilka przykładów.
- Endonukleaza RecBCD
- Endonukleaza T7
- Endonukleaza T4 II
- Endonukleaza Bal 31
- Endonukleaza I
- Nukleaza mikrokokowa
- Endonukleaza II
- nukleaza S1
- P1-nukleaza
- Nukleaza z fasoli mung I
- Enzym DNaza I (P00639)
- Endonukleaza AP
- BamHI
- EcoRI
- EcoRV
- HindIII
- Hae III
Endonukleaza RecBCD
RecBCD endonukleaza jest wyprodukowano w E. coli komórek. Jest częściowo zależny od ATP i działa w rekombinacji i naprawie. Enzym RecBCD wykonuje podwójna rola nukleazy i helikazy, który opróżnia lub oddziela nici DNA i generuje jednoniciowe nacięcia w DNA.
Endonukleaza T7 (P00641)
Fag T7 (gen 3) jest źródłem Enzym endonukleazy T7. Replikacja wymaga DNA ze skłonnością do pojedynczych nici na podwójnych niciach. Enzym, który szczególnie wiąże się z i rozcina czterokierunkowe (Holliday) złącza DNA po wirusowej replikacji genomowej w celu rozwiązania połączeń.
Endonukleaza T4 II (P07059)
Fag T4 (denA) jest źródłem Endonukleaza T4 II . Oligonukleotydy zakończone na końcu 5'-dCMP wytwarzane przez ten enzym są odszczepiane od sekwencji -TpC-; długość łańcucha produktu różni się w zależności od sytuacji. Pomoce w degradacja DNA gospodarza, umożliwiając tworzenie fagowego DNA poprzez wychwytywanie nukleotydów z gospodarza.
Endonukleaza Bal 31
P. espejiana jest źródłem Endonukleaza Bal 31 . Dodatkowo, końce 3' i 5' dupleksu DNA są zmieniane przez tę endonukleazę. Co najmniej dwie nukleazy w połączeniu z szybkimi i wolnymi enzymami.
Endonukleaza I (endo I; P25736)
E. coli (koniec A) jest źródłem Endonukleaza I. Mutanty Endo I nadal rozwijają się prawidłowo, mimo że znajdują się w peryplazmie, wykazując średnią długość łańcucha wynoszącą siedem, byłyby hamowane przez tRNA, powodując dwuniciowe addukty DNAi generowanie nacięć po skompleksowaniu z tRNA.
Nukleaza mikrokokowa (P00644)
Staphylococcus jest źródłem Nukleaza mikrokokowa. Tworzy końce 3′-P, faworyzuje jednoniciowy DNA i regiony bogate w AT, wymaga wapnia i wpływa na RNA. Enzym, który rozbija wiązania 5' fosfodiestrowe zarówno w DNA, jak i RNA.
Endonukleaza II (endo VI, egzo III; P09030)
Coli (xthA) jest źródłem endonukleazy II. W pobliżu miejsca dekoltu znajduje się również 3′–>5′ egzonukleaza, a końce 3'-P mają fosfomonoesterazę. Pierwotny RE w E. coli jest endonukleazą apurynowo-apirymidynową.
nukleaza S1 (P24021)
Aspergillus oryzae jest źródłem. Dotyczy to również RNA. Tylko degraduje jednoniciowy DNA i RNA; brak widocznej preferencji dla zasad. Produktami końcowymi rozszczepienia endonukleolitycznego są 5'-fosfomononukleotyd i 5'-fosfooligonukleotyd.
P1-nukleaza (P24289)
Penicillium citrinum jest źródłem. Dotyczy to również RNA. Tylko degraduje jednoniciowy DNA i RNA; brak widocznej preferencji dla zasad. Produkty końcowe wytwarzane przez rozszczepienie endonukleolityczne obejmują 5'-fosfomononukleotyd i 5'-fosfooligonukleotyd.
Nukleaza z fasoli mung I
Kiełki fasoli mung jest źródłem. Dotyczy to również RNA. Jednak dwuniciowy DNA, hybrydy DNA/RNA lub dwuniciowy RNA nie są rozkładane przez enzym. Tylko produkuje nukleozydy 5′-monofosforany gdy jednoniciowy DNA lub RNA jest rozbity.
Enzym DNaza I (P00639)
Trzustka bydlęca jest źródłem. Produkt ma średnio czteroogniwowy łańcuch, a Mn2+ powoduje zerwanie podwójnej nici. Endonukleaza surowicy jest produkowany przez wiele zewnątrzwydzielniczy i narządów dokrewnych i znajduje się w płynach ustrojowych.
Endonukleaza AP
Jądro i mitochondria są źródłami. Obejmuje ścieżkę naprawy DNA przez wycięcie podstawy. DNA-BER wykorzystuje enzym endonukleazy AP (ścieżka naprawy przez wycinanie zasad).
BamHI
BamHI, endonukleaza restrykcyjna typu II generowana przez Bacillus amyloliquefaciens, potrafi wykryć krótkie (6 pz) sekwencje DNA i wyciąć je dokładnie w miejscu docelowym.
EcoRI
EcoRI jest enzymem restrykcyjnym endonukleazy to jest element systemu modyfikacji ograniczeń i rozkłada podwójne helisy DNA na fragmenty w określonych miejscach.
EcoRV
EcoRV jest endonukleazą restrykcyjną typu II to idzie pod nazwą Eco32I. Jest szeroko stosowany enzym restrykcyjny w biologii molekularnej.
HindIII
Enzym restrykcyjny dezoksyrybonukleazy specyficzny miejscowo dla Haemophilus influenzae typu II hydrolizuje kofaktor Mg2+ złamać palindromiczną sekwencję DNA, AAGCTT.
HaeIII
HaeIII to endonukleazy który chroni organizmy przed niezidentyfikowanym, zewnętrznym DNA. Jest wykorzystywany w laboratoriach biologii molekularnej. Była to trzecia endonukleaza odkryta w bakterii Haemophilus aegyptius.
Wnioski
Enzymy zwane endonukleazami rozkładają wiązanie fosfodiestrowe znajdujące się w łańcuchach polinukleotydowych. Podczas gdy wiele enzymów tnących DNA rozszczepia bardzo specyficzne sekwencje nukleotydowe, inne, takie jak dezoksyrybonukleaza I, łamią DNA nieco losowo (bez względu na sekwencję).
